Fonctionne bien en page d'accueil

Oups ... Je n'avais pas vu ta réponse.

J'ai mis
Réécriture d'URL en clair (SEF) à oui
tout le reste à non.

J'ai essayé d'autes combinaisons mais c'est la seule qui semble fonctionner.

Ca-y-est, j'ai tout désactivé : xmap et slideshow ck

ça ne change rien.

et tu n'as aucun PLUGIN d'installé ?

Je viens d'essayer un site exemple de joomla : Joomla_3.0.3-Stable-Full_Package_FR, on y trouve bien le même problème de <base :
<base href="http://localhost/~jby/Joomla_2.5.9-Stable-Full_Package_FR/index.php/sample-sites" />
au lieu de <base href="http://localhost/~jby/Joomla_2.5.9-Stable-Full_Package_FR/" />

Le seul plugin qui a été ajouté à ceux de base est Système - Mediabox CK

Encore répondu trop vite : j'ajoute que j'ai essayé avec un .htaccess et, entre autres, RewriteEngine On, et sans .htaccess.

j'ai fait des tests en local sur le base, c'est normal
essaies cette version du plugin et dis moi
dl.dropboxusercontent.com/u/8539690/plg_...box_ck_1.3.3_j30.zip